世界各国的创业风险投资组织形式有十多种，按其法律制度与结构特征来划分，大体上可以分为公司制与有限合伙制两种。 公司制是最早出现的创业风险投资组织形式。
1946年成立的世界上第一家现代创业风险投资机构美国研究与发展公司(ARD)和1958年成立的小公司创业风险投资机构(SBICS)以及许多大财团的风险资本分公司和子公司、银行附属创业风险投资机构等都实行公司制。
公司制创业风险投资机构是指依据公司法，通过定向或向公众发行股份来筹集股本，组成专门从事风险资本的投资管理职能的有限责任公司或股份有限公司。公司制的主要特点是企业的组织形式是有限责任公司或股份有限公司，规范各方当事人的是公司章程和公司法，资金筹集基本上是按照股份公司发行股票筹集资本方式和程序进行的，投资人以其出资额为限对公司承担有限责任。公司制设置股东大会、董事会、经理层和监事会，各个机构的权力与职责都是确定的，各司其职，既相互配合，相互协调，又相互制衡。公司制创业风险投资机构的治理结构和普通公司的极为相似。
公司制的另一种结构是“基金公司+基金管理公司”的形式，即投资者出资设立基金公司，同时，专业投资团队成立基金管理公司，基金公司将其全部或部分资金委托给基金管理公司进行投资以获取收益。基金公司只以其委托资金为限承担有限责任，不参与到具体的投资业务活动当中；而基金管理公司负责具体运营受托资金，每年收取一定的管理费，并与基金公司按照约定的分配比例分享投资收益。基金管理公司以其自有资本承担创业风险投资活动可能产生的亏损和风险责任。基金公司和基金管理公司均为独立法人，在进行投资收益分配时，两个公司都需要单独缴纳所得税。 有限合伙制创业风险投资机构最早产生于美国的硅谷。它是合伙公司的一种，由两类合伙人组成：一类是普通合伙人(GP)，由有着丰富经验的创业风险投资经理人担任，负责公司资金的运营，是经营者，对公司运营风险承担无限责任，只是象征性地投入少量资本(通常为总资本额的1%)，一般可获得合伙公司净利润20%的收入；另一类是有限合伙人(LP)，是合伙公司风险资本主要的提供者，负责创业风险投资所要的资金，一般占总资本额的99%，但不参与资金的运营管理，只起监督作用，并以出资规模为限对合伙公司承担有限责任。
两者的资本组建成创业风险投资基金，该基金不具备法人资格，基金管理人(创业风险投资家)充当普通合伙人，其他投资人充当有限合伙人。
有限合伙制的主体有基金投资人、基金托管人和基金管理人。基金投资人出资认购基金管理人发行的创业风险投资基金份额，即可获得基金受益凭证。投资人凭此可以出席基金投资人大会(或有限合伙人会议)和参加基金管理理事会(或基金顾问委员会)。基金托管人履行安全保管基金资产的职责，负责办理基金投资运作的具体账户管理和清算交收业务。基金管理人(创业风险投资家)是有限合伙制运作的核心，它出资认购1%的基金份额，充当普通合伙人，代理基金投资人履行投资管理的经营职能，负责创业风险投资的投资决策、投资后的项目股权管理和变现退出等工作，对基金承担无限责任。基金管理理事会作为投资人利益的代表，是创业风险投资决策的最高权力机构，通常由基金投资人代表、基金管理人代表和外部专家理事等三部分组成。
与公司制相比，有限合伙制创业风险投资机构具有以下制度优势：
(一)运作成本低。
由于有限合伙制企业不具备法人资格，不需缴纳法人所得税，只需要合伙人各自按原有的纳税主体性质合并纳税，从而避免了公司制的重复征税问题。此外，有限合伙制创业风险投资机构的日常管理费用也相对比较固定，由于普通合伙人的收入主要来源于资本增值提成，其日常管理费用也有固定的比例限制，普通合伙人一般不会为了获得更多的管理费而盲目进行投资。所以，从总体上来看，有限合伙制的运作成本较低。
(二)良好的显性激励机制，能大大弱化创业风险投资家的道德风险。
有限合伙制下，创业风险投资基金管理公司及其合伙人凭借其市场信誉受托管理整个基金，作为普通合伙人因实际控制整个基金的具体运作，对基金承担无限责任，对其有较强的责任约束，能真正对基金运作履行诚信义务与责任；创业风险投资家作为普通合伙人一般也投入了1%的资本，虽然比例较小，但对创业风险投资家个人来说，也许并不是小数目，因而能够对创业风险投资家起到很好的约束作用；除向投资者收取2%左右的固定的管理费作为劳动补偿外，在基金赢利进行收益分配时，创业风险投资家还可获得净利润的20%，其1%的投资份额可获得20倍以上的高杠杆比例的回报。这种高效率的激励机制实现了所有权与控制权的统一，把创业风险投资家的收益与其承担的风险联系起来，大大降低了信息不对称和委托代理成本，可以有效抑制创业风险投资家的道德风险行为。
(三)特殊的“分离机制”显示创业风险投资家的能力，能降低风险资本融资过程中的交易成本。创业风险投资过程本身存在高度的信息不对称，但有限合伙制中普通合伙人出资1%的做法实际上提供了一种“分离机制”，即创业风险投资家愿意以1%的出资额作为“抵押”，显示了创业风险投资家的能力，从而能大大降低风险资本融资谈判过程的交易成本。
(四)运营时间短，对创业风险投资家的约束力度大。
公司制创业风险投资机构与普通的股份公司一样，除按公司法中的规定到了清算、破产或兼并的地步，否则创业风险投资机构具有永久性。它是通过公司内部章程和外部合约来实现创业风险投资各当事人的委托与制衡的。而有限合伙制创业风险投资基金是依照信托契约建立、运作，契约期届满(通常为5—10年)就终止营运。基金不具有法人地位，但因信托财产的独立性，基金变成仅为信托目的而独立存在的法律主体。它是通过一个信托契约来构筑各当事人之间的委托代理和相互制衡机制的，可以对创业风险投资家形成一个较强的约束机制。
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